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生物过滤除臭系统核心为生物滤塔、有利于生物附着和生长的复合填料和微生物优势菌种。在适宜的环境条件下，滤塔中的微生物在填料表面形成生物膜，利用废气的无机和有机物作用为碳源和能源，通过降解恶臭物质维持其生命活动，将恶臭物质分解为水、二氧化碳和矿物质等无臭物，达到净化恶臭气体的目的。

生物箱的生物除臭工艺的原理是利用微生物的生物降解作用对臭气物质进行吸收和降解从而达到除臭的目的。臭气通过湿润、多孔和充满活性微生物的滤层，利用微生物对恶臭物质的吸附、吸收和降解功能，微生物的个体小、表面积大、吸附性强、代谢类型多样的特点，将恶臭物质吸附后分解成CO2、H2O、H2SO4、HNO3等简单无机物。生物滤池法除臭效率高，适合大气量低浓度的废气处理。

生物除臭原理：大水、微生物和氧存在的条件下，利用微生物的代谢作用氧化分解发臭物质，以达到净化气体的目的。生物处理大致可以分为3个过程。
1、恶臭气体被填料载体(固有微生物)吸附;
2、恶臭气体向微生物表面扩散、被微生物吸附;
3、微生物将恶臭气体生物降解。不含氮的恶臭物质被分解成CO和H₂O，含硫恶臭物质被分解成S,SO₃²⁻，SO₄²⁻，含氮恶臭物质则被分解成NH₄⁺,NO₂⁻,NO₃⁻。

污染物去除的实质是以臭气作为营养物质被微生物吸收、代谢及利用。这一过程是微生物的相互协调的过程，比较复杂，它由物理、化学、物理化学以及生物化学反应所组成。
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